Po blisko sześćdziesięciu latach, w 2001 roku, dolnośląskie środowiska naukowe i muzealne ponownie podjęły temat powołania w Zgorzelcu muzeum. Zauważono wówczas potrzebę stworzenia instytucji naukowej, która poprzez swoją działalność wpływałaby na rozwój wiedzy, zainteresowanie regionem oraz pobudzenie świadomości lokalnej społeczeństwa zgorzeleckiego. Działanie takie wpisywało się w klimat polityki budowania Europy Regionów, której założenia zostały przyjęte przez Unię Europejską.
Inicjatorem całego projektu stało się zgorzeleckie stowarzyszenie „Euroopera” – znane w środowisku lokalnym z działań na rzecz rozwoju kulturalnego miasta i regionu. Bardzo poważny wpływ na kierunek i jakość prac miał ówczesny dyrektor Muzeum Karkonoskiego w Jeleniej Górze, Stanisław Firszt.
Od początku działania na rzecz powstania Muzeum Łużyckiego uzyskały poparcie władz samorządowych. W czerwcu 2003 roku przekazano budynek przy ulicy I. Daszyńskiego 15 na siedzibę placówki. W szerokiej dyskusji ustalono wstępną koncepcję merytoryczną oraz obszary zainteresowania muzeum. Miało ono funkcjonować jako muzeum regionalne, nastawione na badanie i dokumentowanie dziejów, kultury i życia codziennego mieszkańców Polskich Górnych Łużyc, a w szczególności Zgorzelca.
Zrujnowana kamienica przy ulicy Ignacego Daszyńskiego wymagała gruntownego remontu. Zadanie to ujęto w szerokim planie rewitalizacji Przedmieścia Nyskiego. Dzięki pozyskanym funduszom unijnym remont ukończono w 2007 roku. Niedługo później Muzeum Łużyckie rozpoczęło swoją działalność.
Kalendarium Muzeum Łużyckiego
Przekazanie przez władze samorządowe obiektu na rzecz nowopowstającej placówki.
Rozpoczęcie prac remontowych w kamienicy przekazanej przez Miasto Zgorzelec na rzecz Muzeum, które zakończono w 2007 roku otwarciem placówki
- Wystawa czasowa „Zgorzelecki PRL”
- Wystawa czasowa „Zaginiona dzielnica”
- Wystawa czasowa „Wędrówka idei”
- Wystawa czasowa „DULAG”
- 19 marca 2010 uruchomiono wystawę stałą prezentującą wnętrze chaty łużyckiej z okresu XVIII i XIX wieku. Odtworzono ścianę domu o konstrukcji przysłupowej (materiały pochodzą z resztek chaty w Skrzydlicach), zaś wnętrze wyposażono w meble oraz przedmioty codziennego użytku.
- Badania archeologiczne na cmentarzysku z wczesnej epoki żelaza w Zgorzelcu (stan. 44)
- Wystawa czasowa i projekt „Á la Jacquard”
- Powódź, zalanie budynku muzeum
wydobycie i przewiezienie do muzeum saskiego i pruskiego słupa granicznego z dna opróżnionego w trakcie powodzi zbiornika zaporowego „Niedów” na Witce
- Wystawa czasowa „Świat instrumentów grających”
- Wystawa czasowa „Na nowym wśród obcych”
- Badania archeologiczne średniowiecznej pracowni garncarskiej przy ul. Wrocławskiej w Zgorzelcu
Wystawa czasowa „Zgorzelec-Elbląg. Historie równolegle”
- Wystawa czasowa „Urbex”
- Wystawa czasowa „Ziemia zgorzelecka i okolice. Pogranicze śląsko-łużyckie na mapach Muzeum Łużyckiego”
- Wystawa czasowa „Skarb z Głogowa”
- Wystawa czasowa „Homo Faber, czyli narzędzia dawniej i dziś”
- Wystawa czasowa „Panopticum”
- Wystawa czasowa „Wycinanki żydowskie”
badania archeologiczne przy ul. Nowomiejskiej w Zgorzelcu - Wystawa czasowa „Malarstwo Edwarda Szuttera”
- Wystawa czasowa „Kamionka bolesławiecka dawniej i dziś”
- Wystawa czasowa „Wyspa władców”
- Wystawa czasowa „Pasjans z samych serc”
- Wystawa czasowa „Nauki dawne i niedawne”
- Wystawa czasowa „Wikingowie. Truso – legenda Bałtyku”
- Wystawa czasowa „Trójnogi pies i inne legendy łużyckie”
- Wystawa czasowa „Janusz Moniatowicz. Kilkadziesiąt fotografii”
- Wystawa czasowa „Na nowy wśród obcych 2”
- Wystawa czasowa „Zgorzelec- historia miasta”
- Rozpoczęcie realizacji projektu „Nauka jako przygoda”
- Wystawa czasowa „Goci. Znad Bałtyku do Rzymu”
- Pandemia Covid-19